Une première référence au bâtiment a été retrouvée dans un acte notarié de 1599: Giovanni Donato Calderone était à l'époque propriétaire d'une "grande maison située dans le quartier Santa Maria del Sannace." Le Palazzo Sagges est en effet situé dans un vicinio des vieux quartiers de Bari, près des remparts, appelé Santa Maria de Kiri Iohannaci. Grâce à des témoignages d'origine byzantine, il s’avère que depuis 1183 le palazzo était le siège d'une église commissionnée par les seigneurs Ioannaci, byzantins établis à Bari et apparentés aux Dottula. Une série de transformations linguistiques progressives, magistralement reconstituées par Beatillo, ont porté en 1675 à la dénomination "Santa Maria del Sannace."
Dès la fin du XVIIe siècle, l'exigence de la délimitation de la propriété individuelle se précise. Ainsi, dans de nombreux actes notariés, la demeure est identifiée comme "la maison située aux limites de la rue des Martinez et de la rue de San Giuseppe."
Depuis 1630, comme en témoignent un testament de la même année et un acte notarié de 1647, Giuseppe Martinez, membre d'une noble famille espagnole originaire de Valence, en est le propriétaire. Cette famille est probablement arrivée à Bari dans la deuxième moitié du XVIe siècle après la mort de Bona Sforza, lorsque la ville était sous domination espagnole. Giovanni Martinez, "Secrétaire de la douane royale" fit ériger en 1639 une chapelle nobiliaire pour sa propre famille. Dès lors, l'ascension sociale de la famille Martinez fut constellée d'une série de mariages arrangés et de succès qui lui assurèrent un patrimoine considérable constitué entre autres de nombreux édifices.
La demeure devient ensuite la propriété d'Alessandro, chanoine de la Real Chiesa de San Nicola, puis de Giuseppe Antonio, élu en 1679 maire de la Piazza del Popolo. Ses trois fils Francesco, Tommaso et Teresa en héritent. Ceux-ci maintiennent la propriété jusqu'à ce qu'ils soient contraints de la vendre pour faire face aux dettes contractées par leur grand-oncle Alessandro.
Le 5 mars 1701, par acte du notaire Onofrio Pascarito, "don Pietro Sage, secrétaire royal des entrées et des gabelles de la ville de Bari", achète pour 2300 ducats la "propriété des seigneurs Martinez."
Les origines de Pietro Sage ou Sagges sont assez floues, mais on sait qu'une fois arrivé à Bari, celui-ci recouvre la charge de caissier royal. C’est alors un homme de pouvoir possédant un riche capital, ce qui lui permet de racheter à la famille Martinez "la maison à la Tourelle", attenante à l'édifice principal.
Cependant, au début du XIXe siècle, les descendants ont petit à petit vendu la demeure, probablement à cause des nombreuses dettes contractées pendant les derniers travaux au cours du XVIIIe siècle. En 1927, Giovanni Sagges, dernier propriétaire des "trois pièces du premier étage de la construction originaire, faisant partie part de l’ancien Palais Sagges", décide de les vendre.
C’est seulement au cours des années 70, grâce à un projet de rénovation urbaine générale de la vieille ville, que certains quartiers ont été réhabilités et en 1974, l'ancienne demeure Sagges a été expropriée pour être restaurée et destinée au siège de la Direction des Archives des Pouilles.