Hoy la iglesia de Santa Maria del Buonconsiglio se presenta como un espacio abierto, en cuyo interior se levantan ocho columnas de piedra, cuatro por lado, alineados simétricamente con respecto al eje central. En el eje transversal hay un pilar central de forma rectangular en el que se adosan dos semicolumnas con una base adornado con molduras, y los restos de un ulterior pilar de forma incierta, en posición simétrica con respecto al primero. Ésta es la instalación de un edificio de culto que se encuentra entre las iglesias románicas del siglo XI, como en la Basílica de San Nicolás y en las iglesias de San Gregorio y della Vallisa. La Iglesia de Santa Maria del Buonconsiglio es un edificio absidal, de tres naves hoy todavía visibles gracias a las excavaciones arqueológicas y a las restauraciones de 1983 que han sacado a la luz totalmente el área, dejando aflorar las pavimentaciones de tacos y muros perimetrales. Soportan solo seis de las ochas columnas compuestas por capiteles corintios despojados y de hojas, que recuerdan las que se encuentran en el patio del Castillo Suevo, probablemente pertenecientes justo a las primeras dos columnas de la Iglesia de Santa Maria del Buonconsiglio.

Antes de ser restaurada en 1983, la imagen de la plaza se deterioró por causa de la inclusión de aceras y un aparcamiento. Sin embargo, las noticias relativas a la iglesia en los escritos del histórico Antonio Beatillo (Historia di Bari, 1637) y la adoración de la población de una antigua imagen de la Virgen de la que queda poco, dejan presumir la importancia del edificio de culto en el contexto de la construcción religiosa del casco antiguo.

Se empezó así una exploración arqueológica previa de la restauración realizada por la Soprintendenza ai Beni Ambientali, Architettonici, Artistici e Storici della Puglia (Superintendencia de los Bienes Ambientales, Aquitectónicos, Artísticos e Históricos de Apulia) que permitió el descubrimiento de tres niveles de pavimentación de la iglesia, correspondientes a la primera instalación de la iglesia de tres naves con pilares. Las pavimentaciones musivarias están formadas por artesones polícromos de mármol mixto a ceràmica, acercadas en regulares motivos geométricos. Unas décadas después, fue levantado el nivel de pisada a 15 cm, siempre manteniendo la pavimentación del mismo tipo y de calidad igual a la original. La segunda fase del siglo XII, es la más relevante porque la pavimentación (descubierta 80 cm más abajo que la superficia de la carretera actual) está formada por teselas calizas y de márml de 12x12 cm y 10x10 aproximadamente, con adornos combinados de manera que recubren toda la nave central. Se trata de una reestructuración en la que los pilares originales fueron desplazados por columnas y capiteles despojados. En fin, en la tercera y última fase del siglo XVII-XVIII se puede ver por una capa a 50 metros de la superificie de la carretera, formada por muros perimetrales que afloran junto a los restos de pilares de la nave central y una pavimentación de azulejos de cemento arruinados. Una investigación realizada sobre la mampostería testimonia la presencia de antiguas lesenas enlucidas que probablemente constituían no solo el conjunto decorativo barroco sino también la cobertura de las bóvedas de las naves laterales. Se trata de una importante reestructuración de la iglesia que favoreció la permanencia de las monjas “Rocchettine” hasta 1824, año en el que la iglesia se quedó en estado de abandono hasta su derribo en 1939. Gracias a las restauraciones de 1984, volevieron a brillar las pavimentaciones, fueron fortalecidos los muros y las columnas mediante armaduras de acero inox y fue repristinada la red de carreteras alrededor de la iglesia.

Durante las excavaciones bajo de iglesias, fue renovado el sepulcro altomedieval, formado por tumbas enterradas, perjudicadas por una cisterna edificada por Bartolomeo de Risi, como testimonia un epígrafe posicionado en el muro perimetral de la iglesia, orginariamente colocado en la puerta del edificio de culto. Además, hay otra serie de sepulcros, detrás del ábside, con más de veinte tumbas enterradas y de caja, donde algunas de ellas contienen objetos de ajuar funerario. La presencia de estos dos sepulcros es la huella de una instalación religiosa que alcanzó su cumbre en el siglo X-XI. Un ulterior motivo de interés por este lugar fue el descubrimiento ocurrido detrás del ábside, durante las excavaciones del 1983, de una cabaña de forma circular de la Edad de Bronce. Este descubrimiento une esta zona a la contigua de San Pedro y convirtiendo esta parte urbana, a la extremidad de la península donde surgió la ciudad, como uno de los primeros puntos ocupados desde la primera instalación. Los restos de la cabaña no son actualmente visibles porque se fueron nuevamente recubiertos al término de la excavación.